CRET DUBRAVICA
Vegetaciju creta izgrađuju biljne zajednice prijelaznih cretova bijele šiljkice, a jedno je od posljednjih nalazišta okruglolisne rosike u Hrvatskoj, poznatije kao biljka mesožderka. Na cretu su zabilježene četiri kritično ugrožene biljne vrste, a to su: okruglolisna rosika, uskolisna suhoperka, močvarna broćika i bijela šiljkica.
ČESMA – ŠUME
Područje ekološke mreže Natura 2000 Česma – šume područje je očuvanja značajno za vrste i stanišne tipove, a cilj očuvanja je stanišni tip Subatlantske i srednjoeuropske hrastove i hrastovo-grabove šume Carpinion betuli. Zauzima površinu od 124,75 ha, a 99,92 % područja se nalazi na području Zagrebačke županije u općini Farkaševac.
GORNJI HRUŠEVEC – POTOK KRAVARŠČICA
Natura područje Gornji Hruševec – potok Kravarščica smješteno je u južnom dijelu Zagrebačke županije, u Općini Kravarsko te zauzima površinu od oko 3 ha. Potok Kravarščica izvire u Vukomeričkim goricama i utječe u donji tok rijeke Kupe. Ciljevi očuvanja ovog područja su hidrofilni rubovi visokih zeleni uz rijeke i šume (Convolvulion sepii, Filipendulion, Senecion fluviatilis).
JASTREBARSKI LUGOVI
Prostire se na površini od oko 3 790 ha pri čemu se svojom istočnom granicom dodiruje s međunarodno važnim područjem ribnjaka Crna Mlaka. Ciljni stanišni tipovi ovog područja su Aluvijalne šume (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae), Subatlantske i srednjoeuropske hrastove i hrastovo-grabove šume i Prirodne eutrofne vode s vegetacijom Hydrocharition ili Magnopotamion.
KLINČA SELA
Cilj očuvanja ovog područja su travnjaci beskoljenke (Molinion caerulaeae). Travnjaci beskoljenke razvijaju se na bazičnom, neutralnom do kiselom tlu, više ili manje vlažnom, a kose se najčešće jednom godišnje, uglavnom kasno. Katkad nastaju isušivanjem i obrastanjem cretova.
KLASNIĆI
Ciljevi očuvanja ovog područja su hidrofilni rubovi visokih zeleni uz rijeke i šume (Convolvulion sepii, Filipendulion, Senecion fluviatilis). Visoke zeleni s pravom končarom zajednice su visokih zeljastih biljaka koje se razvijaju uz rijeke, u vlažnim depresijama i na napuštenim livadama u zapadnoj listopadnoj šumskoj regiji, a u kojima dominira prava končara.
KUPA
Rijeka Kupa u cijeloj svojoj dužini od 296 km, od izvora u Razlogama u Nacionalnom parku Risnjak pa sve do ušća u rijeku Savu kod Siska dio je Natura 2000 mreže. Sastoji se od vrijednih staništa – vodni tokovi s vegetacijom Ranunculion fluitantis i Callitricho-Batrachion, hidrofilni rubovi visokih zeleni uz rijeke i šume, izvori uz koje se taloži sedra, karbonatne stijene sa hazmofitskom vegetacijom, aluvijalne šume, poplavne miješane šume.
ODRA KOD JAGODNA
Rijeka Odra izvire u mjestu Jagodno kod Velike Gorice, prolazi južno od Velike Gorice, te teče manje ili više paralelno s rijekom Savom. Ulijeva se u rijeku Kupu kod mjesta Odra Sisačka, neposredno prije utoka rijeke Kupe u Savu. Područje Odre kod Jagodna obuhvaća dijelove vodotoka potoka Želin i potoka Kosnica koji zajedno tvore izvorišni dio toka Odre te sam tok rijeke Odra.
ODRANSKO POLJE
Natura 2000 područje Odransko polje prostire se na površini od 13 736,59 ha. Područje karakteriziraju travnjačka staništa, prostrane aluvijalne šume i rijeka Odra. Važno je zbog prisutnosti značajne populacije barske kornjače, značajno je stanište za leptire i saproksilne kornjaše te važno stanište, hranilište i okupljalište/prenoćište za šišmiše.
RIBNJACI CRNA MLAKA
Ribnjaci Crna Mlaka, kao područje važno za očuvanje staništa i drugih svojti osim ptica, dio je većeg Natura područja Pokupski bazen, a gotovo u potpunosti se preklapa sa zaštićenim područjem Posebni ornitološki rezervat Crna mlaka.
RIBNJACI PISAROVINA
Ribnjaci Pisarovina kao područje važno za očuvanje staništa i drugih svojti osim ptica, dio je većeg Natura područja Pokupski bazen. Smješteni su između Vukomeričkih gorica, rijeke Kupe i Draganićke šume, a uključuju 11 ribnjaka ukupne površine 355 ha.
SAVA NIZVODNO OD HRUŠĆICE
Predstavlja najprirodniji dio rijeke Save u cijeloj Hrvatskoj. Ovdje rijeka usporava, počinje krivudati, gubi brzinu i snagu te se mijenja u nizinsku rijeku taložeći sitni sediment. U dijelu rijeke Save nizvodno od Zagreba još su prisutna specifična, rijetka staništa – šljunčani i pjeskoviti sprudovi i riječni otoci.
SAVA UZVODNO OD ZAGREBA
Natura 2000 područje Sava uzvodno od Zagreba prostire se od granice Republike Hrvatske sa Slovenijom do Podsusedskog mosta u Zagreb, a uključuje i pritok rijeke Save, potok Breganu. Potok Bregana uključen je u ekološku mrežu kao jedino poznato područje obitavanja ribe blistavac u Hrvatskoj. Blistavac je mala, slatkovodna riba iz reda šaranki.
STUPNIČKI LUG
Na ovom području nalazimo dobro očuvane sastojine subatlantskih i srednjoeuropskih hrastovih i hrastovo-grabovih šuma (Carpinion betuli). Vrijedno je stanište za mnoge biljne i životinjske vrste. Služi i kao poveznica između populacija hrastove strizibube i drugih vrsta vezanih uz stare šume, budući da povezuje šumske komplekse Žumberka i Samoborskog gorja na sjeverozapadu te nizinske hrastove šume Pokupskog bazena na jugu.
SUTLA
Rijeka Sutla granična je rijeka između Hrvatske i Slovenije. Ukupna joj je dužina oko 90 km, a prostire na površini od 155,55 ha. Izvire u Hrvatskoj na južnim obroncima Maceljske gore, a u rijeku Savu utječe kao njezin lijevi pritok kod Ključa Brdovečkog. Većina njezinih pritoka dolazi iz Republike Slovenije. Slijev rijeke Sutle pretežno je brdsko-bujičnog karaktera uvjetovanog reljefom i padalinama.
VAROŠKI LUG
Ciljni stanišni tipovi ovog područja su subatlantske i srednjoeuropske hrastove i hrastovo-grabove šume (Carpinion betuli), aluvijalne šume (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae), poplavne miješane šume (Quercus robur, Ulmus laevis, Ulmus minor, Fraxinus excelsior ili Fraxinus angustifolia), dok je ciljna vrsta vretence veliki tresetar.
VUGRINOVA ŠPILJA
Prema Katastru speleoloških objekata Zagrebačke županije, Vugrinova špilja duga je 42 m (u horizontalnoj projekciji, a tzv. poligonalna duljina iznosi 50 m), duboka 2 m, a prema morfološkom tipu pripada jednostavnim speleološkim objektima sa samo jednim kanalom. Špilja je formirana u dolomitnoj stijeni iz srednjeg trijasa, kakve prekrivaju najveći dio Samoborskog gorja.
ŽUTICA
Šuma Žutica je jedna od najvećih nizinskih poplavnih šuma u Hrvatskoj i prva prirodna retencija rijeke Save nizvodno od Zagreba. Prostire se u zoni poplavnog područja Lonjskog polja, na više od 4 600 ha. Od Zagreba je udaljena tridesetak kilometara i smještena je na području grada Ivanić-Grada i općine Križ.
RIBNJAK DUBRAVA
Ribnjak Dubrava nalazi se u središnjem dijelu Hrvatske na granici Zagrebačke i Bjelovarsko-bilogorske županije, u općinama Dubrava i Farkaševac te gradu Čazmi. Zauzima površinu od 342,89 ha. Ovo je područje očuvanja značajno za četiri ciljne životinjske vrste: žabe crvenog mukača (Bombina bombina) i žutog mukača (Bombina variegata), vretence velikog tresetara (Leucorrhinia pectoralis) te sisavca vidru (Lutra lutra).
RIBNJACI SIŠČANI I BLATNICA
Područje ekološke mreže Ribnjaci Siščani i Blatnica područje je očuvanja značajno za vrste i stanišne tipove (POVS). Zauzimaju površinu od od 732,11 ha i gotovo u potpunosti se nalaze unutar Bjelovarsko-bilogorske županije. Radi se o šaranskim ribnjacima s dobro razvijenom plutajućom i emergentnom vegetacijom, okruženima šumama hrasta lužnjaka, vlažnim livadama i mozaičnim krajolicima koji su ranije također bili dio poplavne nizine rijeke Česme.